Zgodnie z ustawą o Przedsiębiorstwie Państwowym „Porty Lotnicze" prezes prowadzi sprawy PPL i reprezentuje przedsiębiorstwo na zewnątrz. Natomiast powołani wiceprezesi będą sprawować nadzór nad określonymi przez prezesa obszarami merytorycznymi na bazie udzielonych pełnomocnictw.
W skład struktury PPL wchodzą porty lotnicze w Warszawie, Zielonej Górze i Radomiu oraz 10 Biur, z podległymi im działami i zespołami. Schemat widoczny jest w załączniku.